Labor für Molekularbiologie (Sicherheitsstufe 1, S1-Labor)

DNA/RNA Isolation, Mengenbestimmung, Qualitätskontrolle

• Verwendung automatisierter Zell- und Gewebeaufschlusssysteme (mechanisch/enzymatisch).
• Isolation von hochreiner DNA und RNA
• Konzentrationsbestimmung mittels NanoDrop Spektralphotometer bzw. Qubit Fluorometer
• Qualitätskontrolle mittels Agarose-Gelelektrophorese

Analytik

Restriktionsanalysen, Fragmentanalysen, Klonierung, diverse PCR- und DNA-Sequenzierungstechniken

Anwendungen

DNA: 

• DNA-Fingerprinting (intraspezies Variationen mittels SSRs/Mikrosatelliten)
• Lokus-spezifische Marker (Allel-Diskriminierung)
• PCR-Marker (sequence-tagged sites)
• Molekulare Taxonomie (Spezies-Identifizierung Bakterien/Pilze/Oomyceten/Pflanzen)
• DNA-(Meta)Barcoding (Charakterisierung mikrobieller Gemeinschaften, Mikrobiome)
• DNA Sequenzierung (Sanger, Illumina, minION)
• BioInformatik (GALAXY Plattform)

RNA: 

• reverse Transcription (mRNA – cDNA)
• qPCR (absolute Quantifizierung mittels Standardkurve) mittels SYBR und TaqMan
• qRT-PCR (Transkriptabundanzen, relative Genexpression mittels Referenzgenen)
• RNAseq (Transkriptomanalysen)
• PCR (Primerentwicklung, Primerwalking, Gen-Identifizierung)
• rRNA (16S, ITS1+2 Sequenzierung)

Technische Ausstattung:

Sterile Sicherheitswerkbänke, (Sicherheitsarbeitsplätze (Abzüge), Gewebe- und Zellaufschlussgeräte, automatisierte DNA-Extraktion, Gelelektrophorese (Agarose, PAA, Kapillar), automatisierte Geldokumentation und Auswertung, konventionelle und real-time PCR, Nanodrop- und Küvetten-Photometer, Fluorometer, Vakuumkonzentrator, Vacuum-Blotting, Fluoreszensmarkierung, ganzjährig nutzbare Gewächshäuser, vollautomatisierte Klimakammern und Klimaschränke, Schüttel- und Wippinkubatoren für Gewebe- und Zellkulturen, Blasensäulen und Rühr-Fermenter für Mikroorganismen, Protein- und DNA-Extraktion, SDS-PAGE, hochauflösende Mikroskope und Fluoreszenzmikroskopie.

Aufgaben und Tätigkeitsbereiche:

• In-vitro Kultur steriler Pflanzen, Gewebekulturen
• Testung Pflanzenwachstum fördernder Mikroorganismen (Rhizosphäre)
• Biologische Düngung und biologischer Pflanzenschutz
• Monitoring pflanzlicher Reaktionen auf Wurzelendophyten, Symbionten
• Nachweis der „Systemisch Induzierten Resistenz“ (ISR und SAR)
• Monitoring von Resistenzgen-Aktivitäten
• Pathogen-Diagnostik / Bioassays
• Entwicklung molekularer Marker
• Sortentestung, Sortenbestimmung
• Charakterisierung von Mikrobiome.